食品廠無菌凈化車間作為食品企業當中的重要場所, 必須保持清潔衛生,而其中一些特殊的加工環節, 則要求更為嚴格。如飲料中的無菌灌裝車間 ,糕點中的冷加工區, 無后道滅菌的產品的內包裝等等的加工車間等, 必須對食品廠無菌凈化車間內空氣中的微生物含量進行有效控制。要達到這些要求, 食品企業必需選用一至兩種以上空氣消毒方法, 以控制成品的微生物指標 。
食品廠無菌凈化車間常用的空氣消毒方法有空氣過濾、臭氧消毒 、紫外線消毒 、熏蒸消毒等。
空氣高效過濾法
空氣高效過濾是利用物理阻留的方法去除空氣介質中的塵埃和微生物。使用的過濾介質其孔隙小于細菌或孢子, 空氣通過時, 微生物被阻留在介質一側。有的過濾介質的孔經間隙大于微生物, 為了達到所需的除菌效果, 介質必須有一定的厚度, 發揮對空氣中顆粒的攔截作用，是食品廠無菌凈化車間目前最必要的殺菌處理方法。
    紫外線消毒法
紫外線消毒室我國目前應用最廣泛的消毒方法之一，目前所使用的紫外線殺菌燈是以253.7nm波長紫外線。紫外線是一種低能量的電磁幅射, 其照射殺菌機理是直接照射到微生物表面或物體表面并保持足夠的殺菌時間就能夠破壞微生物機體細胞中的 DNA(脫氧核糖核酸 )或 RNA(核糖核酸 )的分子結構, 造成生長性細胞死亡或再生性細胞死亡 ,達到食品廠凈化車間殺菌消毒的效果。是食品廠無菌凈化車間目前輔助的殺菌處理方法。
臭氧消毒法
臭氧擴散性好, 不易產生殺菌死角 ,有效消毒時間持續長且消毒后無殘留等優點 ,可彌補紫外線殺菌存在的天然缺點 , 臭氧對空氣中的微生物有明顯的殺滅作用 , 但對表面上污染的微生物的殺滅作用卻比較緩慢。臭氧殺菌效果受濃度、溫度、濕度、作用時間等因素影響, 一般溫度低, 濕度大 (相對濕度必須大于 70%), 消毒效果好，是食品廠無菌凈化車間目前最常用的殺菌處理方法。
熏蒸消毒法
熏蒸消毒是利用化學物質的氣體或煙霧, 在密閉空間內進行熏蒸達到消毒目的。常用的有甲醛 、乳酸、過氧乙酸等。食品無菌生產凈化車間應定期實施熏蒸消毒, 以保證食品廠無菌凈化車間內空氣的清潔。